Una competició internacional avala la potència de la bioinformàtica per al diagnòstic de malalties

Les biociències estan generant una quantitat ingent de dades a una velocitat sense precedents per la qual cosa donar valor i extraure informació útil i fiable de les bases de dades és cada vegada més difícil i complex. Amb el suport de la comunitat científica, IBM Research i Philip Morris International (PMI) R&D van llançar el maig el projecte IMPROVER (Industrial Methodology for PROcess VErification in Research) amb l’objectiu de desafiar als millors investigadors biocomputacionals d’arreu del món a demostrar la funcionalitat dels seus mètodes per explotar la informació genòmica amb finalitats predictives i clíniques, i que els resultats fossin fiables i verificables.

El primer repte plantejat per IMPROVER, anomenat “Diagnosis Signature”, ha consistit en separar i classificar a grups de pacients per a quatre malalties explotant dades genòmiques de mostres clíniques, en el que es denomina un test a cegues. L’equip liderat per l’IRB Barcelona i Anaxomics Biotech ha aconseguit la quarta posició mundial, en una competició en la qual han participat 54 equips, procedents majoritàriament d’Europa i els Estats Units. La presentació del projecte es va publicar a Nature Biotechnology i els resultats de la competició seran, així mateix, presentats properament en revistes científiques d’alt impacte.

Segons David Rossell, cap de la Plataforma de Bioestadística i Bioinformàtica de l’IRB Barcelona i dissenyador dels algoritmes probabilístics de predicció, “aquests reptes internacionals són molt eficaços com a prova de concepte, és a dir, per demostrar que és possible predir i que pot fer-se bé, tota vegada que s’exposen al món les tècniques més avançades i eficaces per aconseguir-ho. “A més”, explica Patrick Aloy, cap de grup en el programa conjunt IRB Barcelona-BSC de biologia computacional, especialitzat en caracteritzar xarxes moleculars per a diferents patologies, “la competició afavoreix la creació d’un cos d’evidència científica fort davant la comunitat biomèdica, tant d’investigadors com de metges, el que dóna valor i aporta confiança cap a les tècniques biocomputacionals i les seves possibles aplicacions industrials”.

El mètode: incorporar informació biològica a algoritmes estadístics

El repte consistia en avaluar i verificar amb aproximacions computacionals mostres de pacients amb psoriasis, esclerosi múltiple, obstrucció pulmonar crònica i càncer de pulmó. L’aproximació de l’equip liderat per l’IRB Barcelona ha estat doble: en primer lloc, Anaxomics Biotech ha aportat informació publicada sobre proteïnes involucrades en cadascuna de les patologies. El doctor Aloy ha ampliat aquesta documentació biològica amb dades no publicades d’altres molècules clarament involucrades. Després, el doctor Rossell, ha integrat la informació biològica als seus mètodes probabilístics de predicció. “Es tracta de separar el gra de la palla: identificar quin subgrup de gens dels milers amb que treballem són rellevants per a incorporar-los a l’anàlisi. És una combinació de coneixement previ basat en xarxes i dades experimentals per obtenir millors prediccions”, explica Rossell.

El primer repte d’IMPROVER ha posat de relleu la capacitat predictiva de la biocomputació donat que la immensa majoria de participants ha pogut diagnosticar als pacients amb una certesa propera al 90%, i en alguns casos al 100%.

Els organitzadors plantegen donar al projecte IMPROVER una continuïtat de quatre anys. De moment, ja han anunciat que el segon repte es llançarà el 2013.

Més informació al web d’IMPROVER.