Nuevos resultados del Consorcio Español para el Estudio del Genoma de la Leucemia

Un colectivo español de investigadores, entre los que figuran los científicos del IRB Barcelona Modesto Orozco, Josep Lluís Gelpí y Romina Royo, del Programa Conjunto en Biología Computacional con el Barcelona Supercomputing Center, ha abierto nuevas vías en la investigación sobre el cáncer al secuenciar la parte codificante de los genomas de más de cien pacientes así como de sus tumores. “El análisis del extraordinario volumen de datos que implica un proyecto de estas características representa un reto que resultaría prácticamente inviable sin el concurso de la supercomputación. Estamos manejando en este momento cerca de 30Tb de datos que se multiplicarán por 30 al final del estudio”, señala Modesto Orozco.

Este estudio, hecho público por la revista Nature Genetics, está dirigido por los investigadores Elías Campo, del Hospital Clínic- IDIBAPS y la Universidad de Barcelona, y Carlos López-Otín, de la Universidad de Oviedo, y ha contado con la participación de 40 investigadores del Consorcio Español del Genoma de la Leucemia Linfática Crónica. Esta organización se enmarca a su vez dentro del Consorcio Internacional de los Genomas del Cáncer.

Claves del estudio

“La leucemia linfática crónica es la leucemia más frecuente en los países occidentales, con más de mil nuevos pacientes diagnosticados cada año en nuestro país”, ha comentado Elías Campo. “Nuestro anterior trabajo proporcionó las primeras claves sobre las mutaciones que provocan la proliferación incontrolada de los linfocitos B en estos pacientes, pero dado que los mecanismos que generan los tumores son muy diversos es necesario secuenciar los genomas tumorales de muchos pacientes”.

Aunque se sabe que el cáncer es una enfermedad que se produce por la acumulación de daños genéticos en las células normales, hasta ahora la identificación de esos cambios era un proceso muy lento y laborioso. En este trabajo, los investigadores, utilizando las nuevas tecnologías de secuenciación, han simplificado este proceso al centrarse en el exoma, compuesto por las partes del genoma que contienen las regiones codificantes de los genes.

De esta forma, se pueden estudiar las posiciones más relevantes secuenciando apenas un 2% de los 3.000 millones de nucleótidos que componen un genoma completo. Las mutaciones específicas del tumor se pueden detectar tras comparar la secuencia del exoma de las células tumorales de los pacientes con la secuencia correspondiente a las células sanas del mismo individuo.

“Esta aproximación nos ha permitido identificar las mutaciones que se producen más frecuentemente durante el desarrollo de esta leucemia” ha añadido López-Otín. “El análisis conjunto de los más de mil genes mutados en las células tumorales de los 105 pacientes estudiados ha revelado la participación de nuevas rutas bioquímicas que pueden ser muy relevantes en la búsqueda de alternativas terapéuticas para esta forma de leucemia”, ha concluido.

Campo y López-Otín han señalado que “de especial interés en este sentido ha resultado el hallazgo de mutaciones recurrentes en el gen denominado SF3B1, implicado en la maduración de los ARN mensajeros, un proceso esencial en la vida de las células”.

Consorcio Español para el Estudio del Genoma de la Leucemia

El Consorcio Español para el Estudio del Genoma de la Leucemia Linfática Crónica (CLL Genome, www.cllgenome.es) está financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación, a través del Instituto de Salud Carlos III, con 10 millones de euros de financiación directa y se enmarca dentro del Consorcio Internacional de los Genomas del Cáncer (ICGC, www.icgc.org). El ICGC se puso en marcha a finales de 2008 con la participación de nueve equipos internacionales de investigación, entre ellos, el Consorcio Español del Genoma de la Leucemia Linfática Crónica. Hace un año, la revista Nature publicó el artículo fundacional del ICGC en el que se destacaba la potencial relevancia de los resultados de este proyecto para el desarrollo de nuevos métodos de diagnóstico y terapias contra el cáncer, ya que el consorcio planea coordinar a escala global la secuenciación y el análisis de 500 genomas tumorales de cada uno de los 50 cánceres más frecuentes.

El pasado 7 de julio, Nature también publicó los avances de los participantes españoles en el ICGC, basados en el análisis de los cuatro primeros genomas completos de pacientes con leucemia linfática crónica. El trabajo que publicó ayer la misma revista confirma la utilidad de los métodos más rápidos de obtención de datos genómicos y representa un gran avance hacia la culminación de los objetivos del Consorcio español para el estudio de la leucemia linfática crónica.

Artículo de referencia:

Exome sequencing identifies recurrent mutations of the splicing factor SF3B1 gene in chronic lymphocytic leukemia

Nature Genetics (2011) (doi:10.1038/ng.1032)

Artículo de Junio 2011 en Nature (aop)