Secuenciado el genoma del tomate

El Consorcio del Genoma del Tomate ha secuenciado y ensamblado el ADN genómico de esta popular especie hortofrutícola, en concreto, el de una variedad domesticada, la Heinz 1706. Científicos de diferentes centros europeos entre los que se cuentan Modesto Orozco, David Torrents y Xavier Pastor, investigadores del programa conjunto del Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona) y el Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS), han combinado esfuerzos para obtener la secuencia de esta solanácea. Esta secuencia, así como los resultados de su análisis se acaban de publicar en la revista Nature.

La secuenciación de cualquier genoma proporciona un material clave para el estudio y la reconstrucción de la evolución de los organismos. La identificación de señales que sugieran episodios clave en la evolución de las especies se consigue mediante la extensiva comparación de genomas. En este estudio, el genoma de tomate se ha comparado con varias especies cercanas que incluye una variedad salvaje de tomate, la patata y la uva.

Estas comparaciones han puesto al descubierto que el genoma del tomate, como el de muchas otras plantas, ha sufrido duplicaciones completas a lo largo de su evolución. Estos fenómenos son muy relevantes desde un punto de vista evolutivo porque ofrecen un marco óptimo para que los genes afectados por dichas duplicaciones exploren nuevas funciones que contribuyan a la evolución y mejora de la especie. En concreto, en el tomate se han observado evidencias que sugieren que su genoma ha sufrido dos rondas de triplicaciones en los últimos 120 millones de años de su evolución. Una de ellas probablemente ocurrió antes de que las uvas y los tomates tomaran caminos evolutivos diferentes, y la otra, más reciente, en un ancestro común entre el tomate y la patata. Este estudio también revela que, en el caso del tomate, estas triplicaciones han incidido especialmente en genes que controlan características como su carnosidad, su color y su maduración.

La secuenciación y publicación de la secuencia genómica de tomate crea las bases moleculares para poder estudiar esta especie hortícola e investigar formas de cultivo que permitan generar estrategias para ayudar a esta especie a resistir plagas y falta de agua y permitir así un cultivo efectivo también en regiones más pobres y áridas. En este proyecto, además del BSC-CNS y el IRB Barcelona, también han participado el CNAG, el Insituto Nacional de Bioinformática, el Centro de Regulación Genómica, el Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas (CSIC-UPV), el Instituto de Hortofruticultura Subtropical y Mediterránea La Mayora (UMA-CSIC), ICREA y la empresa Sistemas Genómicos del Parque Tecnológico de Valencia.

Autor: Oficina de Prensa del Barcelona Supercomputing Center