L’IRB Barcelona es posiciona com a referent en transcriptòmica de cèl·lula única amb la incorporació de nou equipament

L’any 2000 es va seqüenciar per primer cop el genoma humà. Actualment, som capaços de seqüenciar diferents tipus d’organismes, observar amb alta definició els seus teixits, i fins i tot conèixer la diversitat cel·lular que conforma cadascun d’ells. 
Tot això és gràcies a la tecnologia que coneixem com transcriptòmica de cèl·lula única (de l’anglès Single Cell Transcriptomics). 

“Al llarg dels anys, s’han definit un gran nombre de marcadors biològics que permeten la identificació de diferents tipus cel·lulars i dels seus estadis. Aquests marcadors tenen el potencial de permetre la definició i la caracterització de processos patològics a través de tècniques d’immunohistoquímica i d’immunofluorescència. No obstant, quan parlem de processos patològics en els quals participen tipus cel·lulars desconeguts, o que inclús porten a la reprogramació d’estadis cel·lulars en els teixits, és freqüent que no disposem dels marcadors més adequats. Aquí és on entra la tecnologia transcriptòmica de cèl·lula única. Aquesta tècnica permet analitzar les cèl·lules d’una mostra de teixit complex, una a una, comparar les seves similituds o diferències i utilitzar aquestes comparacions per a definir marcadors d’expressió gènica”, explica el Dr. Freddy Miguel de Oliveira Monteiro, cap de la plataforma tecnològica de Genòmica Funcional de l’IRB Barcelona. 

Recentment, l’IRB Barcelona ha adquirit a través de Bonsai Lab, el representant de 10x Genomics a Espanya, l’equip Chromium Controller. Una maquinaria d’alta precisió amb la que, a través de la microfluídica, es pot interrogar l’expressió gènica de milers de cèl·lules de manera simultània i de forma individualitzada. “És un equip que destaca sobre altres ja que la tècnica emprada permet disminuir el marge d’error i augmentar la quantitat de cèl·lules processades. Concretament, en 18 minuts aconsegueix analitzar fins a 8 mostres amb un total de 80.000 cèl·lules”, explica el Dr. Monteiro. 

Amb la compra de l’equip, es va realitzar un Core Lab Programme per tal de promoure l’ús de la tecnologia en el propi Institut. Els grups d’investigació interessats podien proposar els seus projectes i postular-se a diferents premis relacionats amb l’ús d’aquest equip. El primer guanyador va ser el Dr. Lluís Ribas, cap del laboratori de Gene Translation a l’IRB Barcelona, que podrà realitzar quatre reaccions, amb un cost aproximat de 9.000€. Això suposa l’anàlisi d’unes 40.000 cèl·lules.

El projecte del Dr. Ribas estudiarà la dinàmica de la maquinària de traducció gènica durant la inflamació humana, utilitzant apèndixs com a model de procés inflamatori. Gràcies a la seva col·laboració amb l’hospital Sant Joan de Déu de Barcelona, aquest grup ha pogut confirmar la possibilitat d’observar un gradient d’inflamació, incloent els seus estadis inicials, en aquest òrgan. Aquesta estratègia permet estudiar els mecanismes de regulació de la cascada inflamatòria a la mostra d’un individu, per tant, amb el mateix perfil genètic. 

Gràcies a les dades que aquesta tecnologia ens proporciona es pot comprovar i elaborar noves hipòtesis en diferents camps d’investigació. Cada vegada hi ha més mètodes que faciliten el descobriment de nous biomarcadors, la definició de subpoblacions cel·lulars, o l’estudi de l’evolució cel·lular al llarg del temps. 

La incorporació d’aquest nou equip posiciona l’IRB Barcelona com a pioner en una maquinària revolucionària. El Chromium Controller de 10x Genomics proporciona una solució àmplia i escalable per a la caracterització cel·lular i el perfil d’expressió gènica de centenars a desenes de milers de cèl·lules, que aportarà grans avenços en les diferents línies de treball de l’Institut.